2019. aasta uudse koroonaviiruse (2019-nCoV) tuvastamine reaalajas
RT-PCR abil
Sissejuhatus
Maailma Terviseorganisatsiooni (WHO) andmetel teavitati WHO Hiina riigiametit 31. detsembril 2019 teadmata etioloogiaga kopsupõletiku juhtumitest Hubei provintsis Wuhani linnas [1]. Hiina ametivõimud kuulutasid ametlikult haigusetekitajaks uudse koroonaviiruse, mida praegu nimetatakse 2019-nCoV-ks, 7. jaanuaril. 10. jaanuaril avaldati ühenduse veebiressursi virological.org kaudu viiruse genoomijärjestus koheseks rahvatervise toetuseks (Wuhan-Hu-1, GenBanki liitumisnumber MN908947 [2]), millele järgnes veel neli 12. jaanuaril viirusesse hoiule pandud genoomi järjestuse andmebaasi, mille on kureerinud Global Initiative on Sharing All Influenza Data (Ülemaailmne Gripi Andmete Jagamise Algatus) (GISAID). Genoomijärjestused viitavad viiruse esinemisele, mis on tihedalt seotud viiruseliigi liikidega, mida nimetatakse Raske Ägeda Respiratoorse Sündroomiga (SARS) seotud CoV-ks. See liik on määratletud inimeste SARS-i puhangu tekitajana 2002/03 [3,4] . See liik hõlmab ka suurt hulka viiruseid, mida avastatakse peamiselt rinolofiidide nahkhiirtel Aasias ja Euroopas.
20. jaanuari 2020* seisuga on WHO-le teatatud 282 laboratoorselt kinnitatud haigusjuhtumist [5]. Kinnitatud juhtumid Wuhanist pärit reisijatele kuulutati välja Tais 13. ja 17. jaanuaril, samuti Jaapanis 15. jaanuaril ja Koreas 19. jaanuaril. 2019-nCoV ülekandumise ulatus inimeselt inimesele on selle aruande kirjutamise ajal ebaselge, kuid on tõendeid inimeste vahelise ülekande kohta.
Rahvatervisesse sekkumise hõlbustamiseks on esmatähtis prioriteet usaldusväärne laboridiagnostika. Ägeda hingamisteede infektsiooni korral kasutatakse RT-PCR-i tavaliselt viiruslike patogeenide tuvastamiseks hingamisteede sekretsioonidest. Oleme juba varem näidanud rahvatervise laborites reaalajas RT-PCR-il põhineva tugeva tuvastustehnoloogia kasutuselevõtu teostatavust rahvusvaheliste tervisehädaolukordade ajal, koordineerides avalikke ja akadeemilisi laboreid [6-12]. Kõigis nendes olukordades olid testitulemuste ja jõudluse kindlakstegemiseks ja jälgimiseks peamise substraadina saadaval viirusisolaadid.
2019-nCoV praegusel juhul ei ole nakatunud patsientide viirusisolaadid ega proovid seni rahvusvahelisele rahvatervise ringkonnale kättesaadavaks muutunud. Siinkohal anname teada 2019-nCoV skriiningu diagnostilise töövoo loomise ja valideerimise ning konkreetse kinnituse kohta, mis on kavandatud saadaolevate viirusisolaatide või patsiendi originaalproovide puudumisel. Kujunduse ja valideerimise taga on olnud tihe geneetiline seos SARS 2003-ga ja sünteetilise nukleiinhappe tehnoloogia kasutamine.
Meetodid
Kliinilised proovid ja koroonaviiruse rakukultuuri supernatandid testi esialgseks
hindamiseks
Rakukultuuri supernatandid, mis sisaldasid tüpiseeritud koroonaviiruseid ja muid hingamisteede viirusi, hankisid Charité ja Hongkongi Ülikooli uurimislaborid. Hingamisteede proovid saadi 2019. aastal Charité meditsiinikeskuses hospitaliseeritud patsientidelt ja neid testiti NxTAG respiratoorsete patogeenide paneelil (Luminex, S´Hertogenbosch, Holland) või MERS-CoV korral varem avaldatud MERS-CoV upE testiga [10]. Täiendavad proovid valiti biopankadest Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM), Bilthoven, Rotterdami Erasmuse Ülikooli Meditsiinikeskuses, Inglismaa Rahvatervis (PHE) Londonis ja Hongkongi Ülikoolis. Kõigi kollektsioonide proovid koosnesid nii röga kui ka nina ja kurgu tampoonidest koos viirusetranspordiga või ilma.
Testiti nahkhiirega seotud SARSiga seotud CoV proove sisaldavaid fekaaliproove (identifitseeritud GenBanki liitumisnumbrite järgi): KC633203, Betacoronavirus BtCoV/Rhi_eur/BB98–98/BGR/2008; KC633204, Betacoronavirus BtCoV/Rhi_eur/BB98–92/BGR/2008; KC633201, Betacoronavirus BtCoV/Rhi_bla/BB98–22/BGR/2008; GU190221 Beetakoronaviirus Nahkhiirte koroonaviirus BR98–19/BGR/2008; GU190222 Beetakoronaviirus Nahkhiirte koroonaviirus BM98–01/BGR/2008; GU190223, Betacoronavirus Nahkhiirte koroonaviirus BM98–13/BGR/2008.
Kogu selles uuringus kasutatud sünteetiline RNA kvantifitseeriti fotomeetriliselt.
RNA ekstraheerimine
RNA ekstraheeriti kliinilistest proovidest süsteemiga MagNA Pure 96 (Roche, Penzberg, Saksamaa) ja rakukultuuri supernatantidest viiruse RNA minikomplektiga (QIAGEN, Hilden, Saksamaa).
Reaalajas pöördtranskriptsiooni PCR
25 µl reaktsioon sisaldas 5 µl RNA-d, 12,5 µl 2 × reaktsioonipuhvrit, mis oli varustatud Superscript III üheetapilise RT-PCR süsteemiga Platinum Taq polümeraasiga (Invitrogen, Darmstadt, Saksamaa; sisaldas 0,4 mM iga deoksüribontontrifosfaati (dNTP) ja 3,2 mM magneesiumsulfaat), 1 μL pöördtranskriptaasi/Taq segu komplektist, 0,4 μl 50 mM magneesiumsulfaadi lahust (Invitrogen) ja 1 μg veise atsetüülimata seerumi albumiini (Roche). Praimeri ja sondi järjestused ning optimeeritud kontsentratsioonid on toodud tabelis 1. Kõik oligonukleotiidid sünteesiti ja saadi Tib-Molbiol (Berliin, Saksamaa). Termotsükkel viidi pöördtranskriptsiooni jaoks läbi temperatuuril 55°C 10 minuti jooksul, millele järgnes 95°C 3 minuti jooksul ja seejärel 45 tsüklit 95°C 15 s, 58°C 30 s. Osalevad laborid kasutasid kas Roche Light Cycler 480II või Applied Biosystems ViiA7 instrumente (Applied Biosystems, Hongkong, Hiina).
Tabel 1. Praimerid ja sondid, reaalajas RT-PCR 2019. aasta uudse koronaviiruse jaoks
a W on A/T; R on G/A; M on A/C; S on G/C. FAM: 6-karboksüfluorestseiin; BBQ: muraka keelekaste.
b Optimeeritud kontsentratsioonid on antud nanomoolides liitri kohta (nM), lähtudes reaktsioonisegust, nt. 1,5 µi 10 uM praimeri põhilahust 25 µi kogu reaktsioonimahu kohta annab lõppkontsentratsiooniks 600 nM, nagu on tabelis näidatud.
Protokollivalikud ja rakenduse märkused
Hindamises osalenud laboratooriumid kasutasid ühesuguste oligonukleotiidide kontsentratsioonide ja tsüklitingimustega TaqMan Fast Virus 1-Step Master Mix (Thermo Fisher) segu. Samuti testiti QIAGEN One-Step RT-PCR komplekti ja leiti, et see on ühilduv.
Kõigi analüüside kavandatud ristreaktiivsus SARS-CoV viirusliku RNA-ga võimaldab meil analüüse kasutada, ilma et peaksime tuginema spetsiifilise 2019-nCoV RNA välistele allikatele.
Rutiinse töövoo jaoks soovitame esimese rea sõelumisvahendina E-geenianalüüsi, millele järgneb kinnitav test RdRp-geenitestiga. RdRp geenianalüüsi kasutamine kahevärvilise tehnoloogiaga võib eristada 2019-nCoV (mõlemad proovid positiivsed) SARS-CoV RNA-st, kui viimast kasutatakse positiivse kontrollina. Alternatiivina võivad laborid valida RdRp testi käivitamise ainult 2019-nCoV-spetsiifilise sondiga.
Eetiline avaldus
Proovide sisemine kasutamine diagnostika töövoo optimeerimiseks lepiti kokku iga osaleva partneri meditsiinieetika reeglite kohaselt.
Tulemused
Enne 2019-nCoV juhtude viirusjärjestuste avalikku avaldamist tuginesime sotsiaalmeedia aruannetele, milles teatati SARS-i sarnase viiruse avastamisest. Seega eeldasime, et SARSiga seotud CoV on seotud haiguspuhanguga. Laadisime kõik GenBankis saadaval olevad SARSiga seotud täielikud ja osalised (kui> 400 nt) viirusejärjestused alla 1. jaanuariks 2020. Nimekiri (n = 729 kirjet) kontrolliti käsitsi ja tehisjärjestused (laborist saadud, sünteetilised jne) kontrolliti, samuti eemaldati järjestuste duplikaadid, mille tulemuseks oli 375 järjestuse lõplik loetelu. Need järjestused joondati ja joondamist kasutati testi kujundamisel (täiendav joonis S1). Esimese 2019-nCoV järjestuse vabastamisel aadressil virological.org valiti kolm testi selle põhjal, kui hästi need sobisid 2019-nCoV genoomiga (joonis 1). Joondamist täiendati täiendavate järjestustega, mis väljastati GISAID-is (https://www.gisaid.org), kinnitades valitud praimerite head sobivust kõigi järjestustega. Praimeri siduvate domeenide joondamine 2019-nCoV, SARS-CoV ja valitud nahkhiirega seotud SARS-iga seotud CoV-ga on näidatud joonisel 2.
Joonis 1. Amplikoni sihtmärkide suhtelised asukohad SARS-i koroonaviirusel ja 2019. aasta uudsel koroonaviiruse genoomil
E: ümbrisvalgu geen; M: membraanivalgu geen; N: nukleokapsiidvalgu geen; ORF: avatud lugemisraam; RdRp: RNA-sõltuv RNA polümeraasi geen; S: piikvalgu geen.
Amplikoonide all olevad numbrid on genoomi asukohad vastavalt SARS-CoV-le, GenBank NC_004718.
Joonis 2. Oligonukleotiidi siduvate piirkondade, SARSiga seotud koroonaviiruste osalised joondused (n=9)
Paneelid näitavad kuut saadaolevat 2019-nCoV järjestust, mis on joondatud vastavate SARS-CoV tüve Frankfurt 1 vastavate osaliste järjestustega, mida saab kasutada kõigi kolme RT-PCR testi positiivse kontrollina. Joondus sisaldab ka lähedalt seotud nahkhiireviirust (Bat SARSiga seotud CoV isolaadi bat-SL-CoVZC45, GenBanki liitumisnumber MG772933), samuti Bulgaarias tuvastatud SARSiga seotud nahkhiire CoV geneetilise analüüsi kõige kaugemat liiget (GenBanki liitumisnumber NC_014470). Punktid tähistavad identseid nukleotiide võrreldes WH_Human_1 järjestusega. Nukleotiidide asendused on täpsustatud. Sinised nooled: oligonukleotiidid, nagu on täpsustatud tabelis 1. Põhjalikumad joondused leiate lisast.
Analüüsi tundlikkus põhineb SARS-i koroonaviiruse virioonidel
Analüütilise tundlikkuse esialgse hinnangu saamiseks kasutasime puhastatud rakukultuuri supernatanti, mis sisaldas Vero rakkudel kasvatatud SARS-CoV tüve Frankfurt-1 virioone. Supernatant ultrafiltreeriti ja kontsentreeriti seeläbi umbes 20-kordse mahuga rakukultuuri supernatandist. Kontsentreerimisetapp vähendab samaaegselt taustanukleiinhapete, näiteks virioonita pakendatud viiruse RNA, suhtelist kontsentratsiooni. Virionipreparaat kvantifitseeriti reaalajas RT-PCR abil, kasutades spetsiifilist in vitro transkribeeritud RNA kvantifitseerimise standardit, nagu on kirjeldatud Drosten et al. [8]. Kõigile testidele tehti kordusanalüüs, et määrata stohhastilised tuvastussagedused iga testi tundlikkuse lõpp-punktis (joonised 3A ja B). Kõik analüüsid olid ülitundlikud, parimad tulemused saadi geeni E ja RdRp testide puhul (vastavalt 5,2 ja 3,8 koopiat reaktsiooni kohta, vastavalt 95% avastamise tõenäosusega). Need kaks testi valiti edasiseks hindamiseks. Üks välishindamises osalenud laboritest kasutas muid põhilisi RT-PCR reaktiive (TaqMan Fast Virus 1-Step Master Mix) ja kordas tundlikkuse uuringut samaväärsete tulemustega (E geen: 3,2 RNA koopiat/reaktsioon (95% CI: 2,2) RdRP: 3,7 RNA koopiat/reaktsioon (95% CI: 2,8–8,0). Märkimisväärne on ka see, et N-geeni analüüs toimis hästi, kuid seda ei intensiivistatud täiendavalt, kuna see oli veidi vähem tundlik (täiendav joonis S2)
Joonis 3. Avastamispiiride määramine SARS-i koroonaviiruse genoomse RNA ja 2019 uudse koroonaviirusele spetsiifilise in vitro transkribeeritud RNA põhjal
CI: usaldusvahemikud; c/r: koopiad reaktsiooni kohta; IVT: vitro-transkribeeritud RNAs.
A: E geenianalüüs, hinnatud SARS-CoV genoomse RNA-ga. B: RdRp geenianalüüs, hinnatud SARS-CoV genoomse RNA-ga. C: E-geeni analüüs, hinnatud 2019-nCoV-spetsiifilise vitro transkribeeritud RNA standardiga. D: RdRp geenianalüüs hinnati 2019-nCoV-spetsiifilise in vitro-transkribeeritud RNA standardiga.
X-telg näitab RNA sisestatud koopiaid reaktsiooni kohta. Y-telg näitab positiivseid tulemusi kõigi läbiviidud paralleelsete reaktsioonide korral, ruudud on katseandmepunktid, mis on saadud antud kontsentratsioonide (x-telg) paralleelanalüüsides (kaheksa kordusreaktsiooni punkti kohta).
Tehnilised avastamispiirid on toodud paneelide pealkirjades. Sisemine joon on probiti kõver (doosi-reageerimise reegel). Välised punktiirjooned on 95% CI.
Tundlikkus põhineb in vitro transkribeeritud RNA-l, mis on identne
2019. aasta uudsete koroonaviiruse sihtjärjestustega
Kuigi mõlemad analüüsid tuvastasid oligonukleotiidide seondumiskohtades 2019-nCoV ilma polümorfismita (joonis 2), genereerisime lisaks in vitro transkribeeritud RNA standardid, mis vastasid täpselt absoluutse kvantifitseerimise ja avastamispiiri (LOD) uurimiseks 2019-nCoV järjestusele. Korduvad reaktsioonid tehti kontsentratsioonides, mis olid ümbritsetud esialgsetes lahjenduskatsetes määratud avastamise lõpp-punktiga. Korduvate testide tulemusel saadud LOD oli E geeni testi jaoks 3,9 koopiat reaktsiooni kohta ja RdRp testi jaoks 3,6 koopiat reaktsiooni kohta (joonised 3C ja D). Need arvud olid lähedased 95%-lise löögisageduse 2,9 koopiat reaktsiooni kohta vastavalt Poissoni jaotusele, mis eeldati ühe RNA molekuli avastamisel.
2019. aasta uudse koroonaviiruse eristamine SARS-i koroonaviirusest
RdRp testi abil
Järgides põhjendust, et SARS-CoV RNA-d saab kasutada kogu laboriprotseduuri positiivse kontrollina, välistades seega vajaduse käsitseda 2019-nCoV RNA-d, sõnastasime RdRp testi nii, et see sisaldaks kahte sondi: laiaulatuslik sond reageeris SARS-CoV ja 2019-nCoV ning täiendava sondiga, mis reageerib ainult 2019-nCoV-ga. Lahjenduskatsete piiramisega kinnitasime, et mõlemad sondid, kas neid kasutati eraldi või kombinatsioonis, andsid iga sihtviiruse jaoks sama LOD. Spetsiifiline sond RdRP_SARSr-P2 tuvastas ainult 2019-nCoV RNA transkripti, kuid mitte SARS-CoV RNA.
SARS-iga seotud koroonaviiruste avastamisulatus nahkhiirtel
Praegu tähendab potentsiaalne kokkupuude ühise keskkonnaallikaga varakult teatatud juhtudel võimalust sõltumatute zoonootiliste nakkuste suurenenud järjestuse varieeruvuse korral [5]. Näitamaks, et analüüsid suudavad tuvastada muid nahkhiirega seotud SARSiga seotud viirusi, kasutasime E geenianalüüsi, et testida kuut nahkhiirest saadud fekaaliproovi, mis on saadaval Drexlerilt jt [13] und Muth jt. [14]. Need viiruspositiivsed proovid pärinesid Euroopa rinolofiidsetest nahkhiirtest. Nende fülogeneetiliste kõrvalekallete tuvastamine SARS-iga seotud CoV kladist viitab sellele, et tõenäoliselt avastatakse kõik Aasia viirused. See tagaks teoreetiliselt laia tundlikkuse ka juhul, kui loomade veehoidlast saaks viiruse variandi mitu korda iseseisvalt omandada.
Spetsiifilisuse testimine
Keemiline stabiilsus
Selleks, et välistada oligonukleotiidide mittespetsiifiline reaktsioonivõime, põhjustades kunstlikke fluorestsentssignaale, testiti kõiki analüüse 120 korda paralleelselt veega ja mitte ühegi muu nukleiinhappega, välja arvatud pakutavad oligonukleotiidid. Üheski neist reaktsioonidest ei tuvastatud positiivset signaali.
Ristreaktiivsus teiste koroonaviirustega
Rakukultuuri supernatante, mis sisaldasid kõiki inimese endeemilisi koroonaviiruseid (HCoV) -229E, -NL63, -OC43 ja -HKU1, samuti MERS-CoV, testiti kahes eksemplaris kõigis kolmes analüüsis (tabel 2). Mittekultiveeritava HCoV-HKU1 jaoks kasutati inimese hingamisteede kultuuri supernatanti. Viiruse RNA kontsentratsioon kõigis proovides määrati spetsiifiliste reaalajas toimuvate RT-PCR-ide ja in vitro transkribeeritud RNA standarditega viiruskoormuse absoluutseks kvantifitseerimiseks. Täiendavaid lahjendamata (kuid kvantifitseerimata) rakukultuuri supernatante testiti kokkuvõtlikult tabelis 2. Need segati lisaks inimese negatiivsete röga proovidesse. Ükski testitud viirustest ega viiruspreparaatidest ei näidanud reaktsioonivõimet ühegi testiga.
Tabel 2. Tuntud hingamisteede viiruste ja bakterite testid kliinilistes proovides ja rakukultuuripreparaatides ristreaktsioonivõime jaoks 2019. aastal uudsete koroonaviiruse E ja RdRp geenitestides (n = 310)
a Mitme tuvastatud viirusega proovide puhul on loetletud kõrgeima kontsentratsiooniga viirus, mida näitab reaalajas PCR Ct väärtus.
b Otseselt kvantifitseeritud või lisatud inimese negatiivselt testitud röga.
c 1 × 105 RNA koopiat/ml, mis on määratud reaalajas RT-PCR abil. Isoleeritud inimese hingamisteede epiteelkultuurist.
d 1 × 1010 RNA koopiat/ml, mis on määratud ühe isolaadi spetsiifilise reaalajas RT-PCR-ga. Teist isolaati ei kvantifitseeritud, kuid see lisati inimese negatiivselt testitud röga hulka.
e 4 × 109 RNA koopiat/ml, mis on määratud reaalajas RT-PCR abil.
f 3 × 109 RNA koopiat/ml, määratud ühe isolaadi spetsiifilise reaalajas RT-PCR abil. Teine isolaat ei olnud kvantifitseeritud inimese negatiivselt testitud röga korral.
g 1 × 108 RNA koopiat/ml, määratud reaalajas RT-PCR abil.
2019. aasta uudse koroonaviiruse ainuõigus, mis põhineb teiste hingamisteede viiruste suhtes eelnevalt positiivsetel kliinilistel proovidel
E- ja RdRp geenianalüüside abil testisime 297 kliinilist proovi hingamisteede haigustega patsientidelt viie diagnostikateenuseid osutavate laborite biopankades (üks Saksamaal, kaks Hollandis, üks Hongkongis, üks Suurbritannias). Valisime 198 proovi kolmest ülikooli meditsiinikeskusest, kus nähakse patsiente nii üld- ja intensiivravi osakondadest kui ka peamiselt laste ambulatoorsetest osakondadest (Saksamaa, Holland, Hong Kong). Ülejäänud proovide panuse andsid riiklikud tervishoiuteenused, kes viisid läbi järelevalveuuringuid (RIVM, PHE), valimid esitasid peamiselt praktikud. Proovid sisaldasid võimalikult laia valikut hingamisteede toimeaineid ja peegeldasid nende riikide diagnostikalaborites täheldatud viirusekontsentratsioonide üldist spektrit (tabel 2). Kokku ei andnud see test valepositiivseid tulemusi. Neljas individuaalses katsereaktsioonis täheldati esialgset nõrka reaktsioonivõimet, kuid sama testiga uuesti katsetades olid need negatiivsed. Need signaalid ei olnud seotud ühegi konkreetse viirusega ja iga viiruse puhul, millega esines esialgne positiivne reaktsioonivõime, oli ka teisi proove, mis sisaldasid sama viirust suurema kontsentratsiooniga, kuid ei andnud positiivset tulemust. Arvestades ülalkirjeldatud ulatusliku tehnilise kvalifikatsiooni tulemusi, jõuti järeldusele, et see esialgne reaktsioonivõime ei olnud tingitud reaalajas toimuvate PCR-sondide keemilisest ebastabiilsusest, vaid tõenäoliselt probleemide käsitlemisest, mis on põhjustatud uute diagnostiliste testide ja kontrollide kiirest kasutuselevõtust selle uuringu hindamise ajal.
Arutelu
Käesolevas aruandes kirjeldatakse diagnostilise töövoo loomist tekkiva viiruse tuvastamiseks viirusliku genoomse nukleiinhappe füüsikaliste allikate puudumisel. Analüüsi efektiivse kujundamise võimaldas Hiina teadlaste soov jagada genoomiteavet enne ametlikku avaldamist, samuti laiahaardeliste teadmiste kättesaadavus umbes 15 aasta jooksul SARSiga seotud viiruste uurimisel loomade reservuaarides. Selle viiruse analüüside suhteliselt lihtne koostamine, vastupidiselt 2003. aasta SARS-CoV-le, tõestab haiguse ökoloogia ja viiruse genoomide mitmekesisuse kirjeldavate uuringute tohutut kollektiivset väärtust [8,15-17].
RT-PCR-i kasutatakse reaalajas diagnostilises viroloogias laialdaselt. Rahvatervise hädaolukorras võivad asjatundlikud diagnostikalaborid tugineda sellele tugevale tehnoloogiale uute diagnostiliste testide loomiseks oma rutiinsete teenistuste poolt enne, kui eelnevalt koostatud testid on kättesaadavad. Lisaks teabele reagentide, oligonukleotiidide ja positiivsete kontrollide kohta peavad kvaliteedikontrolli programmide raames töötavad laborid tuginema testi koostise tehnilise kvalifikatsiooni dokumentatsioonile ja välise kliinilise hindamise testide andmetele. Kontroll-RNA mallide pakkumist on tõhusalt rakendanud EVAg projekt, mis pakub viirusega seotud reaktiive akadeemilistest uurimiskogudest [18]. SARS-CoV RNA leiti EVAg-st enne praegust puhangut; konkreetsed tooted, nagu siin kirjeldatud testide RNA ärakirjad, leiti kõigepealt EVAgi veebikataloogist 14. jaanuaril 2020 (https://www.european-virus-archive.com). Rakukultuurimaterjalidel ja sünteetilistel konstruktsioonidel põhinevad tehnilised andmed ning 75 kliinilise proovi ainuõiguse testimise tulemused lisati WHO-le 13. jaanuaril 2020 esitatud diagnostilise protokolli esimesse versiooni. Põhineb tõhusal mitteametlikul koostööl laborite võrgus, need andmed lisati ühe nädala jooksul, hõlmates testide tulemusi, mis põhinevad looduslikest infektsioonidest saadud kliinilistes proovides mitmesugustel hingamisteede patogeenidel. In vitro diagnostiliste testide regulatiivse kvalifitseerimise käigus tehtavad võrreldavad hindamisuuringud võivad korralduse, õigusliku rakendamise ja logistika jaoks võtta mitu kuud ning tavaliselt võivad need toimuda pärast haiguspuhangu tipu vaibumist. Praeguse kasutuselevõtu ja hindamise kiiruse ja tõhususe võimaldasid viimaste aastate rahvusvahelistele tervisekriisidele reageerimiseks loodud riiklikud ja Euroopa uurimisvõrgustikud, mis näitavad tohutut reageerimisvõimet, mida saab vabastada akadeemiliste ja avalike laborite kooskõlastatud tegevuse kaudu [18-22]. See laborimaht ei toeta mitte ainult viivitamatuid sekkumisi rahvatervisesse, vaid võimaldab saitidel registreerida patsiente kiirete kliiniliste ravivastuste ajal.
Autorite parandus
Lause 20. jaanuari 2020 seisuga on WHO-le teatatud 282 laboratoorselt kinnitatud juhtumist, mis avaldati algselt vale kuupäevaga (seisuga 20. jaanuar 2019…). See viga parandati 8. aprillil 2020.
29. juulil 2020 lisati Marco Kaiseri õige kuuluvus ja ülejäänud kuuluvused nummerdati ümber.
Lisa
Huvide konflikti jaotist värskendati 29. juulil 2020.
Tänusõnad
Seda tööd rahastas Euroopa Liidu teadusuuringute peadirektoraat projektide Prepare (GA602525), Compare (GA643476) ja EVAg (GA653316) kaudu; Euroopa Liidu SANCO peadirektoraat EVD-LabNeti kaudu, samuti Saksamaa Teadusministeerium projektide RAPID (01KI1723A) ja DZIF (301-4-7-01.703) kaudu.
Täname tänulikult autoreid, laboratooriume-initsiaatoreid nende järjestuste ja metaandmete eest, mida GISAID-i kaudu jagati, millel see uurimus põhineb. Kõigi andmete autoritega võib otse ühendust võtta aadressil www.gisaid.org: Riiklik Viirushaiguste Tõrje ja Ennetamise Instituut, Hiina CDC (Wenjie Tan, Xiang Zhao, Wenling Wang, Xuejun Ma, Yongzhong Jiang, Roujian Lu, Ji Wang, Weimin Zhou , Peihua Niu, Peipei Liu, Faxian Zhan, Weifeng Shi, Baoying Huang, Jun Liu, Li Zhao, Yao Meng, Xiaozhou He, Fei Ye, Na Zhu, Yang Li, Jing Chen, Wenbo Xu, George F. Gao, Guizhen Wu); Hiina Teaduste Akadeemia Wuhani Viroloogiainstituut (Peng Zhou, Xing-Lou Yang, Ding-Yu Zhang, Lei Zhang, Yan Zhu, Hao-Rui Si, Zhengli Shi); Patogeenibioloogia Instituut, Hiina Meditsiiniteaduste Akadeemia ja Pekingi Liidu Meditsiinikolledž (Lili Ren, Jianwei Wang, Qi Jin, Zichun Xiang, Yongjun Li, Zhiqiang Wu, Chao Wu, Yiwei Liu); ja Riiklik Nakkushaiguste Tõrje ja Ennetamise Instituut (ICDC), Hiina CDC (Zhang Y-Z, Wu, F, Chen Y-M, Pei Y-Y, Xu L, Wang W, Zhao S, Yu B, Hu Y, Tao Z-W, Song Z-G, Tian J-H, Zhang Y-L, Liu Y, Zheng J-J, Dai F-H, Wang QM, She J-L ja Zhu T-Y)
Täname Marta Zuchowskit, Sigrid Kersteni ja Joerg Hofmanni abi näidislogistika osas. In vitro transkribeeritud kontroll-RNA E-geeni testi jaoks saab autorilt C. D. Euroopa viiruste arhiivi platvormi kaudu (www.european-virus-archive.com)
Huvide konflikt
Olfert Landt on ettevõtte Tib-Molbiol tegevjuht; Marco Kaiser on GenExpressi vanemteadur ja töötab Tib-Molbioli teadusliku nõustajana.
Autorite kaastööd
VMC: Planeeritud ja läbi viidud katsed, kontseptualiseeritud laboritöö
OL: Planeeritud ja läbi viidudi katsed, kontseptualiseeritud laboritöö
MK: Planeeritud ja läbi viidud katsed
RM: Planeeritud ja läbi viidud katsed, kontseptualiseeritud laboritöö
AM: Planeeritud ja läbi viidud katsed, kontseptualiseeritud laboritöö
DKWC: Planeeritud ja läbi viidud katsed
TB: Planeeritud ja läbi viidud katsed
SB: Planeeritud ja läbi viidud katsed
JS: Planeeritud ja läbi viidud katsed
MLS: Planeeritud ja läbi viidud katsed
DGJCM: Planeeritud ja läbi viidud katsed
BLH: Planeeritud ja läbi viidud katsed
BvdV: Planeeritud ja läbi viidud katsed
SvdB: Planeeritud ja läbi viidud katsed
LW: Planeeritud ja läbi viidud katsed
GG: Planeeritud ja läbi viidud katsed
JLR: Aitas kaasa uuringu üldisele kontseptualiseerimisele
JE: Planeeris ja viis läbi eksperimendid, kontseptualiseeris laboritöö
MZ: Planeeritud laboritöö, aitas kaasa uuringu üldisele kontseptualiseerimisele
MP: Planeeritud laboritöö, aitas kaasa uuringu üldisele kontseptualiseerimisele
HG: Aitas kaasa uuringu üldisele kontseptualiseerimisele
CR: Planeeritud katsed, kontseptualiseeritud laboritöö
MPGK: Planeeritud katsed, kontseptualiseeritud laboritöö
CD: Paneeritud katsed, kontseptualiseeris laboritööd, kontseptualiseeris kogu uuringut, kirjutas käsikirja mustandi.
Viited
1. World Health Organization (WHO). Coronavirus. Geneva: WHO; 2020 [Accessed 21 Jan 2020]. Available from: https://www.who.int/health-topics/coronavirus
2. Zhang Y-Z. Novel 2019 coronavirus genome. Virological. [Accessed 21 Jan 2020]. Available from: http://virological.org/t/novel-2019-coronavirus-genome/319
3. de Groot RJ, Baker SC, Baric R, Enjuanes L, Gorbalenya AE, Holmes KV, et al. Family Coronaviridae. In: King AMQ, Adams MJ, Carstens EB, Lefkowitz EJ. Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses: ninth report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. London; Waltham: Academic Press; 2012. p. 806-20.
4. Peiris JS, Yuen KY, Osterhaus AD, Stöhr K. The severe acute respiratory syndrome. N Engl J Med. 2003;349(25):2431-41. https://doi.org/10.1056/NEJMra032498 PMID: 14681510
5. World Health Organization. (WHO. Novel Coronavirus (2019-nCoV). Situation report – 1. Geneva: WHO; 21 Jan 2020. Available from: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200121-sitrep-1-2019-ncov.pdf
6. Abbott A. SARS testing: First past the post. Nature. 2003;423(6936):114. https://doi.org/10.1038/423114a PMID: 12736651
7. Corman VM, Müller MA, Costabel U, Timm J, Binger T, Meyer B, et al. Assays for laboratory confirmation of novel human coronavirus (hCoV-EMC) infections. Euro Surveill. 2012;17(49):20334. https://doi.org/10.2807/ese.17.49.20334-en PMID: 23231891
8. Drosten C, Günther S, Preiser W, van der Werf S, Brodt HR, Becker S, et al. Identification of a novel coronavirus in patients with severe acute respiratory syndrome. N Engl J Med. 2003;348(20):1967-76. https://doi.org/10.1056/NEJMoa030747 PMID: 12690091
9.Corman VM, Eickmann M, Landt O, Bleicker T, Brünink S, Eschbach-Bludau M, et al. Specific detection by real-time reverse-transcription PCR assays of a novel avian influenza A(H7N9) strain associated with human spillover infections in China. Euro Surveill. 2013;18(16):20461. PMID: 23611031
10. Corman VM, Eckerle I, Bleicker T, Zaki A, Landt O, Eschbach-Bludau M, et al. Detection of a novel human coronavirus by real-time reverse-transcription polymerase chain reaction. Euro Surveill. 2012;17(39):20285. https://doi.org/10.2807/ese.17.39.20285-en PMID: 23041020
11. Panning M, Charrel RN, Donoso Mantke O, Landt O, Niedrig M, Drosten C. Coordinated implementation of chikungunya virus reverse transcription-PCR. Emerg Infect Dis. 2009;15(3):469-71. https://doi.org/10.3201/eid1503.081104 PMID: 19239767
12. Corman VM, Rasche A, Baronti C, Aldabbagh S, Cadar D, Reusken CB, et al. Assay optimization for molecular detection of Zika virus. Bull World Health Organ. 2016;94(12):880-92. https://doi.org/10.2471/BLT.16.175950 PMID: 27994281
13. Drexler JF, Gloza-Rausch F, Glende J, Corman VM, Muth D, Goettsche M, et al. Genomic characterization of severe acute respiratory syndrome-related coronavirus in European bats and classification of coronaviruses based on partial RNA-dependent RNA polymerase gene sequences. J Virol. 2010;84(21):11336-49. https://doi.org/10.1128/JVI.00650-10 PMID: 20686038
14. Muth D, Corman VM, Roth H, Binger T, Dijkman R, Gottula LT, et al. Attenuation of replication by a 29 nucleotide deletion in SARS-coronavirus acquired during the early stages of human-to-human transmission. Sci Rep. 2018;8(1):15177. https://doi.org/10.1038/s41598-018-33487-8 PMID: 30310104
15. Corman VM, Muth D, Niemeyer D, Drosten C. Hosts and sources of endemic human coronaviruses. Adv Virus Res. 2018;100:163-88. https://doi.org/10.1016/bs.aivir.2018.01.001 PMID: 29551135
16. Drexler JF, Corman VM, Drosten C. Ecology, evolution and classification of bat coronaviruses in the aftermath of SARS. Antiviral Res. 2014;101:45-56. https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2013.10.013 PMID: 24184128
17. Cui J, Li F, Shi ZL. Origin and evolution of pathogenic coronaviruses. Nat Rev Microbiol. 2019;17(3):181-92. https://doi.org/10.1038/s41579-018-0118-9 PMID: 30531947
18. Romette JL, Prat CM, Gould EA, de Lamballerie X, Charrel R, Coutard B, et al. The European Virus Archive goes global: A growing resource for research. Antiviral Res. 2018;158:127-34. https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2018.07.017 PMID: 30059721
19. Alleweldt F, Kara S, Osinski A, Van Baal P, Kellerborg K, Aarestrup FM, et al. Developing a framework to assess the costeffectiveness of COMPARE - a global platform for the exchange of sequence-based pathogen data. Rev Sci Tech. 2017;36(1):311-22. https://doi.org/10.20506/rst.36.1.2631 PMID: 28926006
20. Domingo C, Ellerbrok H, Koopmans M, Nitsche A, Leitmeyer K, Charrel RN, et al. Need for additional capacity and improved capability for molecular detection of yellow fever virus in European Expert Laboratories: External Quality Assessment, March 2018. Euro Surveill. 2018;23(28):1800341. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2018.23.28.1800341 PMID: 30017021
21. Pas SD, Patel P, Reusken C, Domingo C, Corman VM, Drosten C, et al. First international external quality assessment of molecular diagnostics for Mers-CoV. J Clin Virol. 2015;69:81-5. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2015.05.022 PMID: 26209385
22. Gobat N, Amuasi J, Yazdanpanah Y, Sigfid L, Davies H, Byrne JP, et al. Advancing preparedness for clinical research during infectious disease epidemics. ERJ Open Res. 2019;5(2):00227-2018. https://doi.org/10.1183/23120541.00227-2018 PMID: 31123684
Lisandus
Lisamaterjali faili suurus: 94000.
See töö on litsentsitud Rahvusvahelise Creative Commons Attribution 4.0 Litsentsi alusel.
Kommentaarid
Postita kommentaar